Когда Немцы напали на Польшу в 1939 г., Святый Максимилян был вынужден прекратить его публикации. Монахи из Непокальанова занялись теперь лечением ранных солдатов. Перед каникулами, Гестапо (Gestapo) арестовало Отца Кольбе и заключило его в тюрьме в Amtitz. Он бы освободен, но только потому, чтобы быть арестованным повторно в дню 17-го февраля 1941 г. Теперь он был высланный в страшный Освенцим и здесь под руководством нечеловеческого чудовища – коменданта называемого Фриц (Fritz), он стал известный как Заключенный Номер 16670, просто один из тысячей статистических людей, живущих в терроре этого пространного, погребального места. Отец Максимилян Кольбе мог быть очень возненавиденный через гитлеровских смотрителей, только потому, что он был Поляком. Но он был тоже католическом священником. Гитлеровские палачи резервировали их рафинированные муки для той группы заключенных людей. Несмотря на его очень слабое здоровье он был направлен к самым тяжелым и самым грязным работом в лагере. Собаки были выпущены на него, чтобы он работал быстрее, но действительно потому, чтобы более мучить этого, бедного человека. И если он споткнулся или упал во время его тяжелой работы, как это имело место много раз, он был битый и ударенный ногой до потери сознания.  Это был конец июля 1941 г., когда заключенный из его блока удрал. До трех часов заключенный не был найден, итак Фриц (Fritz) выбрал свои жертвы. Одной из них был Франчишек Гаевничек (Franciszek Gajowniczek). Он плакал: "Моя бедная жена, мои бедные дети! Что случится с моей семьей!"  
 
В этой минуте Отец Максимилян выступил вперед. Фриц крикнул "Чего эта польская свиня хочет?" Ответ пришел: "Я католический священник из Польши. Я хотелбы занять его место, потому что у него жена и дети." Свидитель напоминает: "С удивления, комендант представлялся как неспособный сказать ни одно слово. После короткого время он дал знак рукой. Он сказал одно слово: „Прочь!” Гаевничек (Gajowniczek) получил приказ возвращения к ряду, который он только, что опустил. В этот способ Отец Максимилян занял место присужденного мужчины." Он был потом высланный в избу голода. Секретарь и переводчик этого бункра, был под таком впечатлением героического поведения Отца Кольбе, что он сохранил точный запись его последних дней, более подробный чем он должет был делать в своей работе. Каждого дня стражник удалял тела людей, которые умерли. Голосы стона и плача были слышимые из бункра голода. Вместе этого Отец Кольбе руководил читанию Розария и пел гимны посвященные Непорочной Марии вместе с другими заключенными в бункре. Во время, когда стражники уходили от бункра, секретарь мог там войти, чтобы поговорить и утешить заключенных. Когда Отец Кольбе не мог больше говорить по поводу голода и недостатка силы, он шептал молитвы. После двух недели, камера должна быть очищенная для большего количества заключенных. Только четырех заключенных остало, Отец Кольбе был среди них. Немцы впрыснули смертную дозу cabolic acid каждому из заключенных. Отец Кольбе, последний заключенный остал до убития, он поднял свои руки к стражнику. В дню 14-го августа 1941 г., накануне Прадника Взятия на Небо Божией Матери, Отец Кольбе был замучен. На следующий день его тело было сжгутое в крематории.